Thành phố Tokyo vào năm X012 khi con người đang phải đối mặt với thảm cảnh mang tên thí nghiệm ( viết tắt TN). Thời điểm này hai bên chia làm hai phe và bọn thí nghiệm lên nắm quyền. Chúng bắt con người phải phục tùng chúng, làm nô lệ cho chúng và giúp chúng sản sinh ra thêm những đứa con thí nghiệm quái dị khác để cùng nhau thống trị thế giới. Vào lúc bấy giờ, con người vì không chịu đựng được trước sự xâm chiếm của thí nghiệm nên đã thành lập một trung tâm lớn tên là A. Nơi đây luôn chào đón những người sẵn sàng đủ dũng cảm để chiến đấu trong nguy hiểm và phải đem cả tính mạng ra để đặt cược. Những con người gan dạ, liệu họ có thể lấy lại sự bình yên? Thí nghiệm hay họ là những kẻ còn tồn tại trên thế giới này? Kết thúc câu chuyện kể về cuộc đời của nhân vật chính là TN 626, Nhật Ký Tội Lỗi sẽ mở ra một câu chuyện mới về cuộc sống đầy nguy hiểm, cũng như phải chiến đấu với thí nghiệm của các thành viên A. Lần gặp gỡ kế tiếp sẽ là lời kể của một nhân vật khác sống cùng với họ. P3: Trung tâm của thí nghiệm ngày càng kiểm soát cả thành phố, những con người vì hòa bình phải dốc sức phá hủy nó, nhưng đằng sau vẫn còn những bí ẩn chưa thể nào được giải đáp. Liệu họ có thể vượt qua và tiến tới sự công bằng hay là bị hủy diệt? Tất cả chỉ gói gọn bằng một quyển nhật ký của người đã từng chứng kiến thảm cảnh đó .